À noter que notre histoire commence au début de KH3.
Loin du conflit entre les treize ténèbres et les sept lumières, les Mondes semblent, à priori, à l’abri de la menace. Les ténèbres chassées et les serrures verrouillées, un statuquo s’installe : rien à craindre des bêtes sous le lit, des monstres dans les garde-robes. Personne ne pourrait soupçonner que des Heartless grouillent toujours au creux des ombres anodines.

Le comité de restauration de Radiant Garden n’est pas si dupe et, comprenant que la menace touche beaucoup plus que leur monde, passe à l’action, créant un comité annexe à celui chargé de réparer la ville : le Radiant Garden Peacekeeping Committee (RGPC). Celui-ci aura pour mission de recruter de braves guerriers dans les mondes auparavant touchés par les ténèbres. Afin de voyager en toute quiétude, et, aussi, en secret, le RGPC se tourne vers les Moogles. À l’aide d’une alliance entre leur guilde de marchands et d’artisans, ils arrivent à façonner des passages complètement sécuritaires entre les mondes connectés par leur réseau. Ces agents veilleront à l’intégrité de leur monde et des autres.

Mais comme nous le savons tous, plus la lumière est forte et plus l’ombre est grande. C’est donc inéluctablement, en réaction à cette mobilisation des forces du bien, qu’un mouvement inverse a germé. Dans l’ombre, les sbires ténébreux se regroupent et s’organisent. Nait de leur mouvement le Dark Council, une entité frappant des mondes pour des buts encore inconnus ; on soupçonne la gloire, le pouvoir, le contrôle.

Si les champions de la Lumière tentent de retrouver leurs alliés, les Ténèbres en font de même : des visages insoupçonnés reprennent vie, leurs yeux dorés brillant sous l’ombre de leurs longs manteaux noirs.

Dans cet univers, tous jouent un rôle. Ferez-vous partie des forces du changement ou en serez-vous la victime ?

Alors que le Royaume de Corona ravive les cœurs, avec ses festivités et ses lancers de lanternes afin de retrouver la Princesse de son Royaume, tout n'est pas rose partout dans tous les mondes. Et même, pendant ces festivités... Tout commence à exploser.

Les Ténèbres, jusqu'alors inactives, à la suite de l'explosion au Mont Olympus, se sont remises à bouger, et en masse. Des hordes de Heartless et de Nobodies déferlent partout dans les Mondes : Twilight Town, Traverse Town, et tous les autres sont submergés par cette attaque incessante, une attaque qui continue, encore et encore, de déferler, absolument partout.

Tout le monde a commencé à se dégager, à se battre de leur côté : Le Radiant Garden Peacekeeping Committee a commencé à s'unir pour voyager dans les mondes, et commencer à se battre pour repousser cette menace. Afin de les aider, les Champions of Light se sont liés à eux et se battent à leurs côtés. Cependant, tout parait désespéré : Les Ténèbres continuent d'affluer, sans cesse.

L'Organisation XIII, de son côté, observe calmement, tout en continuant ses recherches sur les Répliques qu'il leur manque pour remplir leurs rangs... Et le Dark Council, lui, observe cette vague, s'en servant pour parvenir à leurs fins. Maléfique, quant à elle... A disparu. Depuis l'affrontement à Olympus, nul ne peut la retrouver.

Que ferez-vous, dans ce chaos ambiant ?